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前段時(shí)間小編總結(jié)了烈冰生物截至2021 年 4 月單細(xì)胞文章發(fā)表的情況（詳情戳），烈冰單細(xì)胞文獻(xiàn)庫囊括Nature子刊和風(fēng)濕類等多領(lǐng)域頂級期刊。5月25號晚23時(shí)，烈冰用戶再發(fā)力，國際免疫學(xué)頂級期刊Immunity重磅呈現(xiàn)，肝癌（HCC）炎癌轉(zhuǎn)化調(diào)控新機(jī)制！
本研究由南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬鼓樓醫(yī)院孫倍成教授和南京大學(xué)現(xiàn)代生物研究院及鼓樓醫(yī)院雙聘教授林安寧博士合作（南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬鼓樓醫(yī)院張文杰副主任醫(yī)師，博士生張?jiān)庋?/strong>和王飛為第一作者），文章于2021年5月25日發(fā)表在Immunity（IF 31.745）上，題目為The zinc finger protein Miz1 suppresses liver tumorigenesis by restricting hepatocyte-driven macrophage activation and inflammation 。
烈冰生物參與了本研究的單細(xì)胞測序和生物信息數(shù)據(jù)分析工作。下面，我們跟隨大佬步伐，一起了解下本文研究思路和數(shù)據(jù)分析過程。
01 樣本信息
除WT（untreated）外，其它組小鼠均產(chǎn)后兩周開始注射DEN，后期每周注射CCl4以誘導(dǎo)肝癌的發(fā)生。
分選平臺(tái)：10X Genomics
單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)分組：Miz1?hep:Miz1F/F=2:2
捕獲細(xì)胞數(shù):
總細(xì)胞數(shù)24802個(gè)(Miz1?hep:13753個(gè)，Miz1F/F:11049個(gè))，
其中,肝細(xì)胞1343個(gè)(9.5% total cell，Miz1?hep:1343個(gè)，Miz1F/F:1022個(gè)）;
巨噬細(xì)胞4277個(gè)(17.2% total cell，Miz1?hep:2934個(gè)，Miz1F/F:1343個(gè)）.
02技術(shù)手段
磁共振成像(MRI)
HE染色
免疫熒光
免疫組化
免疫印跡分析
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
FACS分選驗(yàn)證
03 分析工具應(yīng)用
t-SNE分析
細(xì)胞類型鑒定
細(xì)胞類型細(xì)分鑒定
差異基因表達(dá)分析
Pseudo-time分析
Qusage分析
細(xì)胞通訊分析
04 結(jié)果解析
1. Miz1缺失促進(jìn)肝細(xì)胞增殖和HCC敏感性
研究者在DEN/CCl4誘導(dǎo)肝癌的小鼠模型中，通過核磁共振，HE染色成像和相關(guān)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)，發(fā)現(xiàn)Miz1?hep小鼠的肝損傷并不是晚期腫瘤誘導(dǎo)的結(jié)果，但肝細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子Miz1的缺失促進(jìn)了肝細(xì)胞的增殖和細(xì)胞凋亡減少，同時(shí)，Miz1?hep小鼠對化學(xué)物質(zhì)或炎癥相關(guān)的HCC的敏感性增加。
2. Miz1缺失促進(jìn)核因子（NF-κB）激活
接著，研究者對Miz1F/F和Miz1?hep兩組小鼠樣本進(jìn)行了單細(xì)胞測序，共獲得24,802個(gè)細(xì)胞，注釋細(xì)胞類型主要包括肝實(shí)質(zhì)細(xì)胞（2365個(gè)，9.5% total cell），中性粒細(xì)胞，內(nèi)皮細(xì)胞，樹突狀細(xì)胞，B 細(xì)胞，T細(xì)胞和巨噬細(xì)胞（4277個(gè)，17.2% total cell）。對肝細(xì)胞群體進(jìn)一步進(jìn)行subCluster，擬時(shí)序分析，差異基因表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)，Miz1?hep小鼠產(chǎn)生了獨(dú)特的腫瘤肝細(xì)胞群體，該群細(xì)胞高度表達(dá)NF-κB下游的細(xì)胞因子和驅(qū)化因子。
進(jìn)一步，研究者通過免疫印跡和免疫組化分析證實(shí)，肝細(xì)胞Miz1的缺失促進(jìn)IKK介導(dǎo)的MTDH的磷酸化，從而促進(jìn)了NF-κB的激活和 NF-κB下游炎癥相關(guān)靶基因的表達(dá)。
3. 腫瘤特有肝細(xì)胞分泌細(xì)胞因子促進(jìn)腫瘤浸潤巨噬細(xì)胞向促炎表型轉(zhuǎn)化
對巨噬細(xì)胞亞群和肝臟特有巨噬細(xì)胞（Kupffer cell）進(jìn)一步細(xì)分，并進(jìn)行差異基因分析和Qusage分析，發(fā)現(xiàn)Miz1?hep小鼠的腫瘤浸潤巨噬細(xì)胞和Kupffer細(xì)胞的一些亞群NF-κB 強(qiáng)烈激活，腫瘤浸潤巨噬細(xì)胞向促炎表型轉(zhuǎn)化。
究其原因，研究者發(fā)現(xiàn)，腫瘤特有的肝細(xì)胞能促進(jìn)炎性細(xì)胞因子分泌（TNF-α，IL-1β, IL-6等）和相關(guān)基因表達(dá)，驅(qū)動(dòng)腫瘤浸潤的巨噬細(xì)胞向促炎表型傾斜，巨噬細(xì)胞受其驅(qū)動(dòng)，IL-1β, IL-6的基因表達(dá)上調(diào)，促炎性細(xì)胞因子增加并驅(qū)動(dòng)了HCC中的炎癥。對炎性巨噬細(xì)胞消除處理（GdCl3）后，小鼠肝臟/體重比、最大腫瘤直徑有所恢復(fù)。
Miz1抑制腫瘤發(fā)生機(jī)制在于：1.Miz1與RelA競爭結(jié)合癌蛋白MTDH。2.抑制IKK酶活性降低MTDH磷酸化。相關(guān)臨床試驗(yàn)也證實(shí)了Miz1在不同HCC患者中的表達(dá)與肝細(xì)胞RelA和MTDH的磷酸化呈反相關(guān)，與HCC患者復(fù)發(fā)和整體預(yù)后也密切相關(guān)。
總結(jié)
總的來說，本研究基于單細(xì)胞測序和其它組學(xué)分析，結(jié)合多種體內(nèi)、體外實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)小鼠肝細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄因子Miz1缺失，產(chǎn)生了高表達(dá)NF-κB下游炎癥因子的特異性“炎性”肝細(xì)胞亞群，激活腫瘤浸潤巨噬細(xì)胞向促炎表型轉(zhuǎn)化，增強(qiáng)肝臟炎癥反應(yīng)，促進(jìn)肝癌的發(fā)生發(fā)展。
烈冰生物具備全套單細(xì)胞分選平臺(tái)，為您提供完整的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序全服務(wù)流程，涉及各種類型樣本制備、完善的實(shí)驗(yàn)質(zhì)控流程、個(gè)性化的數(shù)據(jù)分析。
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